| No. | 作品名 | 発表年 | 出版社 | 備考 |
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| 1 | パラサイト・イブ | 1995/04 1996/12 2007/02 |
角川書店 角川ホラー文庫 新潮文庫 |
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| 2 | BRAIN BALLEY | 1997/12 2000/12 2005/10 |
角川書店 角川文庫 新潮文庫 |
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| 3 | 八月の博物館 | 2000/10 2003/06 2006/10 |
角川書店 角川文庫 新潮文庫 |
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| 4 | 虹の天象儀 | 2001/11 | 祥伝社文庫 | |
| 5 | あしたのロボット （改題：ハ ル） |
2002/10 2005/10 |
文藝春秋 文春文庫 |
連作短編 |
| 6 | ロボット・オペラ | 2004/06 | 光文社 | 編集：アンソロジー |
| 7 | デカルトの密室 | 2005/08 2008/06 |
新潮社 新潮文庫 |
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| 8 | 第九の日 | 2006/06 2008/12 |
光文社 光文社文庫 |
連作短編 |
| 9 | おとぎの国の科学 | 2006/08 | 晶文社 | エッセイ |
| 10 | Every Breath エヴリブレス |
2008/03 2012/11 |
TOKYO FM出版 徳間文庫 |
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| 11 | 大空の夢と大地の旅 | 2009/09 | 光文社 | エッセイ |
| 12 | インフルエンザ21世紀 | 2009/12 | 文春新書 | サイエンス |
| 13 | 未来への周遊券 | 2010/02 | ミシマ社 | 最相葉月共著 往復書簡 |
| 14 | ロボットとの付き合い方、おしえます。 14歳の世渡り術 |
2010/10 | 河出書房新社 | |
| 15 | 世界一敷居が低い最新医学教室 | 2011/04 | ポプラ社 | コラム |
| 16 | 希 望 | 2011/07 | ポプラ社 | 短編集 |
| 17 | 科学の栞 | 2011/12 | 朝日新書 | 科学書案内 エッセイ他 |
| 18 | 大空のドロテ T U V 上下 |
2012/10 2012/11 2012/12 2015/11 |
双葉社 双葉社 双葉社 双葉文庫 |
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| 19 | SF作家 瀬名秀明が説く！ さあ今から未来についてはなそう |
2012/10 | 技術評論社 | 講演・対談 |
| 20 | 月と太陽 | 2013/10 2015/10 |
講談社 講談社文庫 |
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| 21 | 夜の虹彩 | 2014/01 | 出版芸術社 | 短編集 |
| 22 | 新 生 | 2014/02 | 河出書房新社 | |
| 23 | この青い空で君をつつもう | 2016/10 2020/03 |
双葉社 双葉文庫 |
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| 24 | 魔法を召し上がれ | 2019/05 | 講談社 | |
| 25 | ポロック生命体 | 2020/02 2022/11 |
新潮社 新潮文庫 |
短編集 |
| 26 | ウイルス vs 人類 | 2020/06 | 文春新書 | サイエンス |