| No. | 作品名 | 発表年 | 出版社 | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 玩具修理者 | 1996/04 1999/04 |
角川書店 角川ホラー文庫 |
短編集 |
| 2 | 人獣細工 | 1997/06 1999/12 2023/04 |
角川書店 角川ホラー文庫 角川ホラー文庫（新装版） |
短編集 |
| 3 | 密室・殺人 | 1998/07 2001/06 2014/01 2025/05 |
角川書店 角川ホラー文庫 創元推理文庫 角川ホラー文庫（新装版） |
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| 4 | 肉食屋敷 | 1998/11 2000/09 2023/12 |
角川書店 角川ホラー文庫 角川ホラー文庫（新装版） |
短編集 |
| 5 | 奇 憶 | 2000/11 | 祥伝社文庫 | |
| 6 | Ａ Ω | 2001/05 2004/03 2023/08 |
角川書店 角川ホラー文庫 角川ホラー文庫（新装版） |
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| 7 | 海を見る人 | 2002/05 2005/05 |
ハヤカワSF Jコレクション ハヤカワ文庫 |
SF短編集 |
| 8 | 家に棲むもの | 2003/03 2024/09 |
角川ホラー文庫 角川ホラー文庫（新装版） |
短編集 |
| 9 | 目を擦る女 | 2003/09 | ハヤカワ文庫 | 短編集 |
| 10 | ネフィリム 超吸血幻想譚 | 2004/08 2007/09 |
角川書店 角川ホラー文庫 |
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| 11 | 脳髄工場 | 2006/03 | 角川ホラー文庫 | 短編集 |
| 12 | 忌 憶 | 2007/03 | 角川ホラー文庫 | 5の「奇憶」を含む 連作短編 |
| 13 | モザイク事件帳 改題）大きな森の小さな密室 |
2008/02 2011/10 |
創元クライム・クラブ 創元推理文庫 |
ミステリ短編集 |
| 14 | 天体の回転について | 2008/03 | ハヤカワSF Jコレクション | SF短編集 |
| 15 | 臓物大展覧会 | 2009/03 | 角川ホラー文庫 | 短編集 |
| 16 | セピア色の凄惨 | 2010/02 | 光文社文庫 | 連作集 |
| 17 | 人造救世主 | 2010/08 | 角川ホラー文庫 | |
| 18 | 完全・犯罪 | 2010/09 2012/07 |
東京創元社 創元推理文庫 |
短編集 |
| 19 | 人造救世主 ギニー・ピッグス |
2011/02 | 角川ホラー文庫 | |
| 20 | 天獄と地国 | 2011/04 | ハヤカワ文庫 | |
| 21 | 人造救世主 完結編 アドルフ・クローン |
2011/09 | 角川ホラー文庫 | |
| 22 | 惨劇アルバム | 2012/05 | 光文社文庫 | 連作短編 |
| 23 | 見晴らしのいい密室 | 2013/03 | ハヤカワ文庫 | 短編集 |
| 24 | アリス殺し | 2013/09 2019/04 |
東京創元社 創元推理文庫 |
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| 25 | 百舌鳥魔先生のアトリエ | 2014/01 | 角川ホラー文庫 | 短編集 |
| 26 | 幸せスイッチ | 2015/04 | 光文社文庫 | 短編集 |
| 27 | 記憶破断者 改題）殺人鬼にまつわる備忘録 |
2015/08 2018/10 |
幻冬舎 幻冬舎文庫 |
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| 28 | 世界城 | 2015/12 | 日経文芸文庫 | |
| 29 | 安楽探偵 | 2016/02 | 光文社文庫 | 短編集 |
| 30 | 失われた過去と未来の犯罪 | 2016/05 2019/08 |
角川書店 角川文庫 |
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| 31 | クララ殺し | 2016/06 2020/02 |
東京創元社 創元推理文庫 |
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| 32 | ウルトラマンＦ | 2016/07 2018/09 |
早川書房 ハヤカワ文庫 |
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| 33 | 因業探偵 新藤礼都の事件簿 | 2017/06 | 光文社文庫 | 短編集 |
| 34 | わざわざゾンビを殺す人間なんていない。 | 2017/07 2021/07 |
一迅社 二見文庫 |
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| 35 | ドロシイ殺し | 2018/04 2021/06 |
東京創元社 創元推理文庫 |
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| 36 | パラレルワールド | 2018/07 2019/09 |
角川春樹事務所 ハルキ文庫 |
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| 37 | 因業探偵リターンズ | 2018/12 | 光文社文庫 | 短編集 |
| 38 | Ｃ市からの呼び声 | 2018/12 | 創土社 | |
| 39 | 人外サーカス | 2018/12 2021/01 |
角川書店 角川ホラー文庫 |
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| 40 | 神獣の都 京都四神異譚録 | 2019/07 | 新潮文庫nex | |
| 41 | 代表取締役アイドル | 2020/06 2022/09 |
文藝春秋 文春文庫 |
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| 42 | 名作万華鏡 芥川龍之介篇 杜子春の失敗 |
2020/06 | 光文社文庫 | 短編集 |
| 43 | ティンカー・ベル殺し | 2020/06 2022/10 |
東京創元社 創元推理文庫 |
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| 44 | 未来からの脱出 | 2020/08 2022/07 |
角川書店 角川ホラー文庫 |
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| 45 | 逡巡の二十秒と悔恨の二十年 | 2021/10 | 角川ホラー文庫 | 短編集 |
| 46 | 小林泰三SF傑作選 時空争奪 |
2024/04 | 創元推理文庫 | 短編集 |
| 47 | 小林泰三ミステリ傑作選 五人目の告白 |
2024/07 | 創元推理文庫 | 短編集 |