| No. | 作品名 | 発表年 | 出版社 | 備考 |
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| 1 | 十角館の殺人 | 1987/09 1991/09 2007/10 |
講談社ノベルス 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 2 | 水車館の殺人 | 1988/02 1992/03 2008/04 |
講談社ノベルス 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 3 | 迷路館の殺人 | 1988/09 1992/09 2009/11 |
講談社ノベルス 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 4 | 緋色の囁き | 1988/10 1993/07 1997/11 2020/12 |
ノン・ノベル ノン・ポシェット 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 5 | 人形館の殺人 | 1989/04 1993/05 2010/08 |
講談社ノベルス 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 6 | 殺人方程式 -切断された死体の問題- |
1989/05 1994/02 2005/02 |
カッパ・ノベルス 光文社文庫 講談社文庫 |
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| 7 | 暗闇の囁き | 1989/09 1994/07 1998/06 2021/05 |
ノン・ノベル ノン・ポシェット 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 8 | 殺人鬼 殺人鬼 覚醒篇 |
1990/01 1994/10 1996/02 2011/08 |
双葉社 双葉ノベルスﾞ 新潮文庫 角川文庫 |
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| 9 | 霧越邸殺人事件 | 1990/09 1995/02 2014/03 |
新潮社 新潮文庫 角川文庫 |
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| 10 | 時計館の殺人 | 1991/09 1995/06 2006/06 2012/06 |
講談社ノベルス 講談社文庫 双葉文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 11 | 黒猫館の殺人 | 1992/04 1996/06 2014/01 |
講談社ノベルス 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 12 | 黄昏の囁き | 1993/01 1996/07 2001/05 2021/08 |
ノン・ノベル ノン・ポシェット 講談社文庫 講談社文庫（新装版） |
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| 13 | 409号室の患者 | 1993/09 | 森田塾出版（南雲堂） | 中編 |
| 14 | 殺人鬼U-逆襲篇- 殺人鬼 逆襲篇 |
1993/09 1995/08 1997/02 2012/02 |
双葉社 双葉ノベルスﾞ 新潮社文庫 角川文庫 |
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| 15 | 鳴風荘事件 殺人方程式U | 1995/05 1999/03 2006/03 |
カッパ・ノベルス 光文社文庫 講談社文庫 |
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| 16 | 眼球綺譚 | 1995/10 1998/01 1999/09 2009/01 |
集英社 ノン・ノベル 集英社文庫 角川文庫 |
短編集 |
| 17 | フリークス | 1996/04 2000/03 2011/04 |
カッパ・ノベルス 光文社文庫 角川文庫 |
中編集 「409号室の患者」 収録 |
| 18 | アヤツジ・ユキト 1987-1995 復刻版 アヤツジ・ユキト 1987-1995 |
1996/05 1999/05 2007/08 |
講談社 講談社文庫 講談社 |
エッセイ集 |
| 19 | セッション | 1996/10 1999/11 |
集英社 集英社文庫 |
対談集 |
| 20 | どんどん橋、落ちた | 1999/10 2001/11 2002/10 2017/02 |
講談社 講談社ノベルス 講談社文庫 講談社文庫（新装改訂版） |
中短編集 |
| 21 | 最後の記憶 | 2002/08 2006/01 2007/06 |
角川書店 カドカワエンタテイメント 角川文庫 |
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| 22 | 綾辻行人 | 2002/10 | 角川書店 | 作家徹底解剖 |
| 23 | 暗黒館の殺人 | 2004/09 2007/10 2007/11 |
講談社ノベルス 講談社文庫（1、2） 講談社文庫（3、4） |
文庫版は4分冊 |
| 24 | びっくり館の殺人 | 2006/03 2008/11 2010/08 |
講談社ミステリーランド 講談社ノベルス 講談社文庫 |
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| 25 | アヤツジ・ユキト 1996-2000 | 2007/08 | 講談社 | エッセイ集 |
| 26 | アヤツジ・ユキト 2001-2006 | 2007/08 | 講談社 | エッセイ集 |
| 27 | 深泥丘奇談 | 2008/02 2011/12 2014/06 |
メディアファクトリー MF文庫 角川文庫 |
連作短編怪談集 |
| 28 | ナゴム、ホラーライフ 怖い映画のススメ | 2009/06 | メディアファクトリー | エッセイ 牧野修共著 |
| 29 | Another | 2009/10 2011/11 2012/03 |
角川書店 角川文庫 角川スニーカー文庫 |
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| 30 | 京都魔界地図 | 2009/11 | PHP研究所 | 京都魔界倶楽部著 書下ろし短編収録 |
| 31 | 深泥丘奇談・続 | 2011/03 2013/02 2014/09 |
メディアファクトリー MF文庫 角川文庫 |
連作短編怪談集 |
| 32 | 奇面館の殺人 | 2012/01 2015/04 |
講談社ノベルス 講談社文庫 |
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| 33 | Another エピソードS | 2013/07 2014/12 2016/06 |
角川書店 角川書店（増補版） 角川文庫 |
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| 34 | アヤツジ・ユキト 2007-2013 | 2014/08 | 講談社 | エッセイ集 |
| 35 | くうきにんげん | 2015/09 | 岩崎書店 | 怪談えほん 絵：牧野千穂 |
| 36 | 深泥丘奇談・続々 | 2016/07 2019/08 |
角川書店 角川文庫 |
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| 37 | 人間じゃない | 2017/02 2022/08 |
講談社 講談社文庫 |
短編集 |
| 38 | 綾辻行人ミステリ対談集in京都 シークレット |
2020/09 | 光文社 | |
| 39 | Another 2001 | 2020/09 2023/06 |
角川書店 角川文庫 |