| No. | 作品名 | 発表年 | 出版社 | 備考 |
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| 1 | 滝 （改題）その言葉を |
1990/10 1993/08 |
集英社 集英社文庫 |
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| 2 | 葦と百合 | 1991/10 1999/04 |
集英社 集英社文庫 |
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| 3 | 蛇を殺す夜 | 1992/09 | 集英社 | |
| 4 | ノヴァーリスの引用 | 1993/03 2003/05 |
新潮社 集英社文庫 |
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| 5 | 石の来歴 | 1994/03 1997/02 |
文藝春秋 文春文庫 |
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| 6 | バナールな現象 | 1994/03 2002/05 |
集英社 集英社文庫 |
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| 7 | 『吾輩は猫である』殺人事件 | 1996/01 1999/03 2016/04 |
新潮社 新潮文庫 河出文庫 |
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| 8 | プラトン学園 | 1997/07 2007/10 |
講談社 講談社文庫 |
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| 9 | グランド・ミステリー | 1998/03 2001/04 2013/09 |
角川書店 角川文庫 角川文庫 |
新装版 |
| 10 | 虚構まみれ | 1998/05 | 青土社 | エッセイ集 |
| 11 | 鳥類学者のファンタジア | 2001/04 2004/04 |
集英社 集英社文庫 |
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| 12 | 坊ちゃん忍者幕末見聞録 | 2001/10 2004/10 2017/04 |
中央公論新社 中公文庫 河出文庫 |
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| 13 | 浪漫的な行軍の記録 | 2002/11 | 講談社 | |
| 14 | 新・地底旅行 | 2004/01 2007/03 |
朝日新聞社 朝日文庫 |
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| 15 | モダールな事象 | 2005/07 2008/08 |
文藝春秋 文春文庫 |
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| 16 | 神器 軍艦『橿原』殺人事件 | 2009/01 2011/08 |
新潮社 新潮文庫 |
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| 17 | 世界文学は面白い。 | 2009/06 | 集英社 | 世界文学ツアーガイド いとうせいこう共著 |
| 18 | 石の来歴／浪漫的な行軍の記録 | 2009/12 | 講談社文芸文庫 | 5と13の合併 |
| 19 | シューマンの指 | 2010/07 2012/10 |
講談社 講談社文庫 |
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| 20 | 桑潟幸一准教授のスタイリッシュな生活 | 2011/05 2013/11 |
文藝春秋 文春文庫 |
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| 21 | 地の鳥 天の魚群 | 2011/09 | 幻戯書房 | デビュー作品 |
| 22 | 桑潟幸一准教授のスタイリッシュな生活2 黄色い水着の謎 |
2012/09 2015/04 |
文藝春秋 文春文庫 |
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| 23 | 虫樹音楽集 | 2012/11 2015/11 |
集英社 集英社文庫 |
連作短編 |
| 24 | 地獄シェイクスピア三部作 メフィストフェレスの定理 |
2013/06 | 幻戯書房 | 戯曲 |
| 25 | 東京自叙伝 | 2014/05 2017/05 |
集英社 集英社文庫 |
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| 26 | その言葉を／暴力の舟／三つ目の鯰 | 2014/12 | 講談社文芸文庫 | 1と3と5からの中編集 |
| 27 | ノヴァーリスの引用／滝 | 2015/04 | 創元推理文庫 | 1と4の合本 |
| 28 | 夏目漱石、読んじゃえば？ | 2015/04 2018/05 |
河出書房新社 河出文庫 |
夏目漱石読本 |
| 29 | ビビビ・ビ・バップ | 2016/06 2019/06 |
講談社 講談社文庫 |
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| 30 | 雪の階 | 2018/02 2020/12 |
中央公論新社 中公文庫 |
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| 31 | 桑潟幸一准教授のスタイリッシュな生活3 ゆるキャラの恐怖 |
2019/03 2021/11 |
文藝春秋 文春文庫 |
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| 32 | 死神の棋譜 | 2020/08 2023/03 |
新潮社 新潮文庫 |